В 1171 г. знаменитый полководец Салах ад-дин Йусуф ибн Аййуб, по происхождению курд (на Западе его называли Саладином, в отечественной историографии он фигурирует как Салахаддин), уничтожил фатимидский халифат и, объединив Египет и Сирию, положил начало новой династии — Айю-бидов. Он отобрал у крестоносцев Палестину, Иерусалим и Антиохию, что привело к 3-му Крестовому походу во главе с королем Англии Ричардом Львиное Сердце, королем Франции Филиппом II Августом и Фридрихом Барбароссой. После смерти Салахаддина (1193 г.) его империя была разделена между двумя его сыновьями. Египет достался Азизу Имад ад-дину. С целью обезопасить себя самого и для успешной борьбы с крестоносцами египетский халиф ас-Салих Айюб, отстранивший от власти своего родного брата, создал себе из мамлюков (воинов-рабов) личную гвардию. Расквартированные на острове Рода близ Каира, воины этой личной гвардии стали называться бахаритами (солдатами реки; от арабского бахр — река). Именно благодаря им поражением завершился 7-й Крестовый поход, руководимый французским королем Людовиком Святым. Сам король попал в плен вместе со своей армией и был освобожден лишь за огромный выкуп.
Воспользовавшись победой, мамлюки в 1250 г. стали править сами (династия Бахаритов — тюркских мамлюков). Это было начало эпохи процветания. Каир стал прекрасной столицей огромной империи, включавшей Сирию и Палестину. Цезарея и Антиохия были отобраны у крестоносцев, Последний Крестовый поход закончился бесславно. Его руководитель, все тот же Людовик IX Святой, умер в 1270 г. от чумы. Мамлюкский султан Бейбарс I захватил последние крепости на Святой земле (Тир, Сидон, Триполи и др.). В 1291 г. пал последний оплот крестоносцев — крепость Сен-Жан-д'Акр в Ливане. Стремясь отвлечь население от недовольства постоянными поборами и жестокостью в управлении и продемонстрировать со всем возможным размахом свою власть и глубину своего благочестия, мамлюкские султаны Египта возводили в Каире великолепные здания (мечети, медресе, мавзолеи), считающиеся лучшими памятниками архитектуры всего мусульманского мира.
По всему городу строились десятки общественных фонтанов, соседствовавших обычно с начальными школами (куттаб).